Muzeu i kalasë së Shkodrës është vendosur në një ndërtesë monumentale trekatëshe të shekullit XV, e cila njihet me emrin “Kapitaneria”, rezidenca e Kapitanit sundimtarit venedikas. Dallohet se është ndërtesë me karakter ushtarak nga trashësia e mureve dhe nga dritaret e ngushta në trajtë frengjishë,  ku vendoseshin topat e artilerisë.

Në hyrje të muzeut, një bazoreliev së legjendës së kalasë është pozicionuar: Gruaja e sakrifikuar në muret e kalasë, me gjirin e nxjerrë jashtë, që të ushqente foshnjën e saj e përbri saj disa vargje të legjendës janë shkruar në mur.

Në katin përdhesë të muzeut, përmes materialit të qeramikës e ilustrimeve prezantohen gjurmët e një vendbanimi prehistorik mbi kodrën e kalasë me fillesë që nga periudha e bronzit të hershëm. Më pas janë të ekspozuara objekte të ndryshme të periudhës urbane helenistike e romake, ku ndodhen dhe tre bustet e tre mbretërve: Agronit, Teutës dhe Gentit, të punuar në mermer. Në një sektor tjetër prezantohen edhe një koleksion monedhash që pasqyrojnë marrëdhëniet e fuqishme tregtare të qytetit me botën mesdhetare, që nga prerjet e para të shek III-II para Krishtit. Gjithashtu janë të ekspozuara dhe stoli prej bronzi e vegla pune prej hekuri të Kultures së Komanit shek VI-IX pas Krishtit.

Në katin e parë janë të ekspozuara disa fragmente të një mozaiku të një Vila Urbe shek II-IV pas Krishtit, banesë qytetare romake gjetur në vitin 1979 në hapësirën që krijohet mes rrjedhës së dy lumenjve Drin, Bunë dhe kodrës së kalasë pikërisht aty ku shtrihej i fortifikuar në antikitetin e vonë. Sipërfaqja totale e mozaikut është 48m2 konceptuar me motive floreale. Sektori i fundit në këtë kat është një koleksion i madh gjylesh guri me dimensione të ndryshme të ushtrive osmane të perdorura në dy rrethimet e famshme të fundshekullit XV.

Ndërsa në sektoret e katit të dytë paraqiten dokumenta e relikte që pasqyrojnë historinë mesjetare e atë moderne të kalasë së Rozafës. Në sektorin e parë në këtë kat pasqyrohen objekte që flasin për zakone të reja në stilin e jetesës gjatë influencës osmane dhe linja e dytë shfaqet një veprimtari e dendur e emigrantëve në Venedik për të ruajtur identitetin kulturor dhe etnik të komunitetit të tyre në një metropol siç është Venediku i shek të XVI. Gjurmët e kësaj dëshmie janë veprat e dy historianëve si Marin Becikemi dhe Marin Barleti dhe imazhi i basorelievit në Cale degli Albanesi në Venecia, punuar nga Carpacio, mesi I shek te XVI dhe imazhi i pikturës së famshme të rrethimit të Shkodrës punuar nga Paolo Veroneze. Në qendër të katit të dytë është paraqitur një maket që paraqet Shkodrën në shek e XVIII e përqëndruar rreth kalasë me urbanistikë otomane dhe qendër e një Pashallëku Shqiptar. Sektori i fundit në katin e dytë janë të ekspozuara armët origjinale të kohës të cilat përbëjnë një koleksion të pasur mjaft interesant/nje koleksion i vecantë i evolucionit të tyre nga më e thjeshta e shek të XV-te tek Mauzerri Osman i vitit 1911. Ndërmjet tyre ka armë trofe prodhime veneciane dhe otomane që lidhen me betejat e përgjakshme të fundshekullit.